De NSDSK wordt aangestuurd door de directeur, die tevens als de Raad van Bestuur fungeert. Voor de dagelijkse leiding zijn er twee afdelingsmanagers en een hoofd bedrijfsvoering die samen met de directeur, de beleidsmedewerker en de personeelsadviseur het managementteam vormen.
Binnen de afdelingen zijn teamleiders verantwoordelijk voor kleinere teams rondom een specifieke cliëntpopulatie. Bij de VOG werken twee accountmanagers. Deze zijn verantwoordelijk voor het beheer van de klantcontacten en de uitvoering van de afgesloten contracten. Binnen de afdeling O&O, waar projectmatig gewerkt wordt, functioneren de senioronderzoekers als projectleiders.
De NSDSK functioneert in een Raad van Toezichtmodel. Formele besluitvorming vindt plaats door de Raad van Bestuur die hierover verantwoording aflegt aan de Raad van Toezicht. De Raad van Bestuur wordt geïnformeerd en geadviseerd door het managementteam. Direct onder de Raad van Bestuur vallen de volgende organisatieonderdelen: bedrijfsvoering, financiën, personeelszaken, secretariaat en de ICT afdeling. Daarnaast heeft de NSDSK een Ondernemingsraad en een Cliëntenraad.
